扣缴手续费作为企业从事扣缴业务所取得的收入，按照中国现行的企业所得税法规，是需要纳入企业的收入总额，并在此基础上计算应缴纳的企业所得税。

根据《企业所得税法》及其实施条例的规定，企业在提供扣缴服务（如代理销售、代理支付等）时，从委托方收取的手续费属于企业的营业收入，应当计入企业的收入总额。这部分收入在计算企业所得税时，可以按照法定程序扣除相关的成本和费用，最终确定应纳税的所得额。

扣缴手续费作为企业的营业收入，其税务处理应符合企业所得税的相关规定，确保收入的真实性和合法性，并在规定的纳税申报期内，依法申报并缴纳企业所得税。同时，企业在进行税务申报时，应确保扣缴手续费的收入确认、成本费用扣除等均符合税法规定，以免因税务问题引发不必要的风险。